Ruja nie odbywa się wyraźnie. Powtarza się co 4 - 6 dni. Rozwój młodych przebiega bardzo podobnie jak u chomików syryjskich. Rozmnaża się przez cały rok, czyli samica rodzi 3 - 7 razy w roku. Chomiki dżungarskie rozmnażają się w naturze prawdopodobnie tylko w okresie letnim – w zimie nie stwierdzono nigdy u nich potomstwa.
Samica po 21 - dniowej ciąży rodzi przeciętnie od 4 do 7 młodych, choć zdarzają się mioty liczące powyżej 10 małych. Osiągają dojrzałość płciową po 1 do 2 miesięcy.
Chomiki dżungarskie żyją 2 - 3 lata. Nie jest agresywny. Jest towarzyski i czuje się dobrze z ludźmi, o ile ma z nimi kontakt od małego. Hodowla kilku chomików jest trudna, gdyż muszą one mieszkać w odizolowaniu od siebie nawzajem. Często występuje agresywność wobec osobników tej samej płci już w wieku około 1,5 miesiąca i nasila się wraz z wiekiem. W przypadku osobników różnej płci, mieszkającej w bliskim otoczeniu, będzie dochodziło do intensywnego rozmnażania.
